之后，建文帝派左军都督李景隆率兵50万攻打燕王，欲挽败局。但因将士多属临时拼凑，号令不一，指挥不灵，加之李景隆刚愎自用、骄傲轻敌，在郑村坝、白沟河之役中李景隆大败。李景隆失败，齐泰、黄子澄隐而不奏，且言称李景隆获胜。建文帝自认得胜。李景隆兵败后，以德州为大本营，筑七十二连营，屯兵自守。建文二年（1400）四月，燕军攻打德州。五月，李景隆又大败，率军奔济南。德州遂归燕军，燕王“籍吏民，收府库，获粮百余万，自是兵食益饶。 ”燕军又攻克济阳，复攻济南。山东参政铁铉与参军高巍率军死守。铁公出奇谋屡破燕军，燕兵北还，铁铉率兵追击，收复德州。
　　九月初一，建文帝诏左都督盛庸为大将军率军讨伐燕军。燕王几次被南军围困，但因建文帝有命，南军未敢伤及燕王。在当初朝廷出兵讨伐燕军时，建文帝曾告诫诸将军，“‘一门之内，自极兵威，不祥之极’。今尔将士与燕王对垒，务体此意，毋使朕有杀叔父之名”。在燕军失败时，“燕王数危甚，诸将奉帝诏，莫敢加刃”。因此燕王几度临危，都转危为安。
　　后来，燕王且追且战，攻入南京，建文帝自焚而亡。
　　燕王为何对鲁北及河北百姓大肆屠杀呢？史书上说：“惠帝（即建文帝）承太祖（朱元璋）遗威余烈，因势初张，仁闻昭宣，众心悦服，成祖（即燕王）奋起方隅冒不韪以争天下”。由此可见，虽然朱棣绞尽脑汁想出了“清君侧”之名，但百姓之心并不倾向于燕王。朱棣曾忧心忡忡地说：“民心向彼，奈何！ ”（《明通鉴卷十一》）。
　　不出燕王所料，当他发动“靖难”战争后，各地官民对他进行了顽强抵抗。据《南宫县志》记载，“燕兵所过，各州、县义民目为叛逆，争抗拒之”，《邢台县志》记载，“靖难兵起，传檄征响，秀（邢台地方官）抗不应”。
　　各地百姓在当地官员带领下奋力抵抗燕军，使得燕王军队连连受挫，燕王因此极为愤怒。每攻一地，更屠其城，赤其地，无论男女老幼，俱屠杀之，即所谓“燕王愤甚，燕京以南，所过为墟，屠戮无遗”（《南宫县志 兵事篇》）。造成的景象是“青燐白骨，怵惊心目”，“长淮以北则鞠为草莽”。民间族谱记载：“盖燕王靖难兵起，在建文时南北构兵……或杀、或剐、或逃，东西六七百里，南北近千里几为丘墟焉……”导致华北一带 “春燕回来无栖处，赤地千里少人烟”，大片土地荒芜，当时景状之惨，可想而知。
　　建文二年五月，燕王率兵与山东参政战，未果而北还，欲稍事休整再作打算。大军浩浩荡荡，旌旗蔽日，一路杀将过来，沿途百姓如惊弓之鸟，仓皇逃离家园。大军行至乐陵城附近三鲁村，忽然天上飞过三只大鸟，撞帅旗后落地而死。燕王见状，忙令大军驻足不前。稍顷，前边来了一支丧葬队伍，哀乐齐鸣，白幡招展。 （110）
芙韬 著