棚室栽培蔬菜，由于人为地创造了增温、保温条件，避过灾害性气候，加速生长进程，能使蔬菜早熟、高产。但由于蔬菜生产周期加快，需肥量比露天蔬菜大，比一般投放量要高出50%。正是由于投放量的增加，如控制不当，则会带来一些负面影响，特别是冬季和早春，要注意合理施肥。
　　调控基肥和追肥比例。应掌握施足基肥，少施追肥的原则。一般基肥比例应占总投肥量的60%，其中磷肥由于分解缓慢，可提高到70%。优质农家堆肥、厩肥一定要充分腐熟，每亩使用量为5000公斤左右，优质有机复合肥每亩一般75公斤，不宜超过100公斤。其余追肥根据蔬菜的长势和需肥规律期灵活掌握。
　　适当增施有机肥。有机肥营养全面均衡，既可改良土壤，提高保肥保水能力，又能调节平衡土壤的酸碱度以及避免土壤因集中供肥发生肥害。
　　实施配方施肥。据有关部门研究结果表明，大棚蔬菜对氮、磷、钾的最大需求期分别为：黄瓜在种植后75～140天，番茄在30～52天，甜椒在30～60天。最佳化肥 （氮、磷、钾）施用比例为黄瓜1∶0.67∶1.83，番茄为1∶0.38∶1.75，甜椒为1∶0.38∶1。
　　禁止浅层追肥。棚室蔬菜由于密闭程度高，浅层施肥或撒施肥料极易使肥料挥发，既降低肥效又易产生氨气危害。因此追肥时一定要穴施或条施，深度为5～6厘米，另外还要和蔬菜根系保持8～10厘米的距离。
　　适温追施氮肥。氮肥特别是尿素和碳铵只有在转化为硝酸态氮时才易被蔬菜所吸收，而转化的快慢取决于棚内温度的高低。当棚内温度低于15℃时，硝化细菌和活动将受到抑制。因此，追施氮肥应选择在晴天中午前后进行，过早过迟都会由于温度低而降低追肥效果。