一、瓜果蔬菜禁用剧毒高毒农药
　　新规：剧毒、高毒农药不得用于蔬菜、瓜果、茶叶和中草药材。鼓励和支持使用高效低毒低残留农药，加快淘汰剧毒、高毒农药。
　　解读：在此前的第二次审议中，有部分常委会组成人员建议明确全面淘汰剧毒、高毒农药。但由于全面淘汰剧毒、高毒农药尚不可行，全国人大法律委员会研究提出，当前应当加强对剧毒、高毒农药使用环节的管理，同时加快有关替代产品的研发推广。
　　二、保健食品应标明不能代替药物
　　新规：保健食品的标签、说明书应载明功效成分及其含量，不得涉及疾病预防、治疗功能，并声明“本品不能代替药物”。
　　解读：鉴于我国添加中药材的保健食品较多，在前两次审议稿针对保健食品的原料、保健食品的注册和备案等方面作出规定的基础上，提交三审的草案再次加强了对保健食品标签、说明书的管理。中央财经大学法学院食品药品法研究中心主任高秦伟认为，这有利于整肃保健食品非法生产、非法经营、非法添加和非法宣传等乱象。
　　三、婴幼儿配方乳粉配方拟注册管理
　　新规：删去“不得以委托、贴牌方式生产婴幼儿配方乳粉”，保留“不得以分装方式生产婴幼儿配方乳粉”。
　　解读：对婴幼儿配方乳粉的配方实行备案管理。对此，国家食药监总局提出，目前我国婴幼儿配方乳粉的配方过多过滥，全国有近1900个配方，平均每个企业有20多个配方，远高于国外这类企业一般只有2至3个配方的情况。为确保安全，建议实行注册管理。
　　四、医学食品应经监管部门注册
　　新规：特殊医学用途配方食品应当经国务院食品药品监督管理部门注册。注册时，应当提交产品配方、生产工艺等以及表明产品安全性、营养充足性和特殊医学用途临床效果的材料。
　　解读：特殊医学用途配方食品（简称医学食品）是适用于糖尿病、肾病等患有特定疾病人群的特殊食品，含有各种营养成分以及在临床上的营养支持作用。现行的食品安全法和修订草案二审稿没有对这类食品作出规定。
　　为保障特定疾病状态人群的膳食安全，一直以来，我国对这类食品按药品实行注册管理，目前共批准69个肠内营养制剂的药品批准文号。2013年，国家卫计委颁布了此类食品的国家标准，将其纳入食品范畴。